Ρυθμός

Ο ναός αυτός ήταν μια σταυρική ξυλόστεγη βασιλική, η οποία από κάποια αιτία, πιθανώτατα πυρκαγιά, καταστράφηκε και ο Ιουστιανιανός την ανακατασκεύασε με το νέο ρυθμό της εποχής του, δηλαδή με θόλους και τρούλλο. Επομένως, ο ναός που θαυμάζει σήμερα ο επισκέπτης είναι ο Ιουστινιάνειος, στον οποίο μετατράπηκε τον 6ο αιώνα το παλιό κτίσμα των αγίων και ισαποστόλων Κων/νου και Ελένης. Ο ναός της Εκατονταπυλιανής, όλους αυτούς τους αιώνες δεν είχε παραμείνει στην Ιουστινιάνεια μορφή του. Κατά τις εποχές της φραγκοκρατίας και της τουρκοκρατίας δοκίμασε πολλές καταστροφές και λεηλασίες. Μεγάλες καταστροφές έπαθε κατά την επιδρομή του Χαϊρεντίν Βαρβαρόσσα, το 1537, και αργότερα κατά την επιδρομή του καπουδάν Μουσταφά Καπλάν πασά, το 1666.

Την μεγαλύτερη όμως καταστροφή έπαθε ο ναός κατά τους σεισμούς το 1733, κατά τους οποίους κατέρρευσαν ο βόρειος και ο δυτικός θόλος και μέρος του τρούλλου. Κατά την επισκευή του, στην οποία σημαντική οικονομική συμμετοχή είχε και ο Παριανός ηγεμόνας της Μολδοβλαχίας Νικόλαος Μαυρογένης, έγιναν για την στερέωσή του πολλές προσθήκες, και μέσα και έξω από το ναό, οι οποίες παραμόρφωσαν τελείως την επιβλητική μορφή του, μείωσαν την φωτεινότητά του και η πρόσοψή του πήρε μια ιδιότυπη μορφή, με μια μνημειακή πύλη και τρία αιγαιοπελαγίτικα καμπαναριά.

Το 1959 όμως, ο αείμνηστος καθηγητής και ακαδημαϊκός Αναστάσιος Ορλάνδος άρχισε την αποκατάσταση του ναού στην Ιουστινιάνεια μορφή του και το 1965 τον απέδωσε στον θαυμασμό και την λατρεία των πιστών.